Bernard Werber naît en 1961 à Toulouse et prend l'habitude d'écrire des nouvelles dès l'école primaire. Après son bacalauréat, il commence son premier roman sur les fourmis et s'astreint à une discipline très stricte, puisqu'il travaille au moins quatre heures par jour.

En 1980, il commence des études de criminologie tout en redoublant sa première année de droit. Mais en 1982, il abandonne ces deux domaines pour entreprendre des études de journalisme. En même temps, il rédige la première version des Fourmis.

En 1983, il est le lauréat du prix de la fondation News du meilleur jeune reporter – ce qui lui vaut une bourse pour effectuer un reportage en Côte d'Ivoire sur les fourmis magnans, qu'il évoque dans Les Fourmis. Il installe même une fourmilière dans son appartement pour mieux étudier le comportement de ces insectes.

De 1984 à 1990, il signe des articles dans Le Nouvel Observateur, mais sa vie change avec la rencontre, en 1990, de l'éditeur Albin Michel, qui l'invite à retravailler le manuscrit des Fourmis. En mars 1991, après douze ans de travail et de multiples versions, ce roman, qui décrit les mœurs des fourmis sur fond d'intrigue policière, paraît aux éditions Albin Michel et obtient le prix des lecteurs de la revue Science et Avenir.

Après, tout s'enchaîne très vite : le tome 2, Le Jour des fourmis, publié en 1992, est traduit en 22 langues et obtient le Grand Prix des lectrices du magazine Elle. En 1994, sort le roman Les Thanatonautes, qui met en scène des aventuriers explorant le continent des morts, mais ce livre ne rencontre guère de succès.

En revanche, le dernier tome de la trilogie sur les fourmis, La Révolution des fourmis, obtient en 1996 les faveurs du public. En 1997, l'auteur continue à réfléchir sur la place de l'homme dans l'univers avec Le Livre du voyage. Puis, en 1998, il publie un polar sur les origines de l'homme intitulé Le Père de nos pères et, en 2000, il publie le second tome des Thanatonautes, intitulé L'Empire des anges. La même année, il réalise un court-métrage, La Reine de nacre et, l'année suivante, il donne une suite au livre Le Père de nos pères : L'Ultime Secret, polar scientifique sur les mystères du cerveau humain.

En 2002, il publie L'Arbre des possibles, un recueil de nouvelles puis, en 2004, Nous les dieux.

En 2006, alors que paraît Le Papillon des étoiles, Bernard Werber réalise son premier long-métrage, produit par Claude Lelouch, Nos amis les terriens, fiction de type documentaire.

Il continue également à écrire des bandes dessinées de science-fiction et des pièces de théâtre, comme Nos amis les humains.